1997年7月，陈兰亭被调任为齐都医院院长。几年来，他带领医院的全体干部员工发扬“艰苦创业、团结协作、锐意进取、精益求精”的医院精神，建设医院，发展医院，创造了一个又一个辉煌，1998年通过爱婴医院评审，1999年被评为市级文明单位，2000年为全省唯一一家区县级二级甲等妇幼保健院。他本人也多次被评为市、区卫生系统先进工者。

陈兰亭上任后确定了以“突出专科特色，综合全面发展，保健与临床相结合”的办院方针，以“病人第一、服务第一、质量第一、信誉第一”的办院宗旨。

　　在医院发展上，他始终坚持“高标准，严要求”，从医院制度入手，按照“二甲”标准制定了健全的规章制度和岗位职责，并在全体干部员工中深入开展医德医风教育，倡导优质服务。

    “以人为本，人才强院”是陈兰亭院长提出的又一大发展战略。医院先后与青岛医学院附属医院和上海妇产科医院缔结为友好协作医院，聘请青医附院苗志敏院长和上海妇产科医院丰有吉院长担任医院的名誉院长。医院还制定了许多优惠政策，吸引专家来院落户生根。从2001年10月起，已有14名市级医院的学科带头人加盟齐都医院。

     2002年2月 ，医院率先在全市卫生行业推行了从人事分配、奖惩制度，到劳动用工、评价体系的一系列管理改革。通过改革，优化了劳动环境，改善了医患关系，调动了全员工作积极性，提高了工作效率，增加了医院的综合效益。

    面对医院良好的发展态势，陈院长没有满足于现状，“这才刚刚起步，以后的道路还很长”。他从来没有放松过对事业的执着，已拟定了医院今后十年的发展规划。